Zur Sicherstellung der Zukunftsfähigkeit der baden-württembergischen Hochschulmedizin hat das Land Baden-Württemberg im Herbst 2004 eine 13-köpfige Expertengruppe beauftragt, Vorschläge zur Weiterentwicklung der Universitätsklinika zu erstellen. In ihrem Abschlussbericht vom Juli 2006 hat die „Medizinstrukturkommission Baden-Württemberg“ weitreichende Empfehlungen an die Landespolitik sowie die Fakultäts- und Klinikumsvorstände formuliert.

Der hierauf basierende „Bericht zur Umsetzung der Empfehlungen der Medizinstrukturkommission“ des Wissenschaftsministeriums wurde vom Ministerrat des Landes am 3. Februar 2009 beraten und verabschiedet. Insbesondere aufgrund der zwischenzeitlich eingeleiteten Maßnahmen zur Finanzierung, zur Zentrenbildung und zur Einrichtung innovativer Studienangebote im medizinischen und medizinnahen Bereich konnten deutliche Fortschritte erzielt werden.

Ein neues Finanzierungskonzept mit einem noch stärkeren Leistungsbezug ist bereits im Jahr 2008 wirksam geworden. Nach diesem „Drei-Säulen-Modell“ setzt sich der Landeszuschuss für Forschung und Lehre - nach Anrechnung einer Grundausstattung in Höhe von 150.000 Euro je Professur - aus den Komponenten „Grundbudget“ (60 Prozent), „Strukturbudget“ (20 Prozent) und „Leistungsbudget“ (20 Prozent) zusammen. Planungssicherheit gewährt den Medizinischen Fakultäten der im Jahr 2007 unterzeichnete Solidarpakt Medizin mit einem Gesamtvolumen von rund 560 Mio. Euro. In dem Pakt garantiert das Land, die Förderung bis zum Jahr 2014 stabil zu halten. Teil des Paktes ist auch ein „Innovationsfonds Medizin“, mit dem besondere Strukturmaßnahmen gefördert werden. Er wird schrittweise aufgebaut und hat in der letzten Stufe im Jahr 2010 eine Höhe von 20 Mio. Euro.

Mit derzeit rund 8 Mio. Euro jährlich fördert das Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst besondere Profilbildungen an den einzelnen Standorten aus dem Innovationsfonds Medizin. An 13 Exzellenzzentren gibt es herausragende Fachkompetenz mit überregionaler Strahlkraft. Bei den inzwischen eingerichteten 8 Kompetenzzentren steht dagegen eine standortübergreifende Abstimmung von Aufgaben in der curricularen Lehre im Blickpunkt. Mit dem „Förderprogramm Medizin und Gesellschaft“ sollen die sozialmedizinischen und gesellschaftswissenschaftlichen Profile der Medizinischen Fakultäten ab 2009 gezielt gestärkt werden.

Zusätzlich zu traditionellen Medizinstudiengängen sind an den Medizinischen Fakultäten Studiengänge wie Gesundheitsökonomie, Molekulare Medizin, Medizintechnik oder Medical Education eingeführt worden. Abgerundet wird das Programm unter anderem durch geplante Studiengänge in den Bereichen Pflegewissenschaften und Medizinische Dokumentation.